VARIAZIONE GENETICA MEDIANTE mtDNA E nDNA IN UNA POPOLAZIONE DI PODARCIS

This thesis work is focused on the genetic analysis of two mitochondrial genes (Region Control and two fragments of Cytochrome b) and a nuclear gene (MC1R) to assess population structure and genetic diversity in a population of Podarcis, located in the southeast of the Iberian Peninsula, in a place called Galera. Were implemented laboratory protocols of DNA extraction using the chloroform/phenol method, PCR, electrophoretic stroke in agarosio and use of the Gel Capture program to visualize DNA bands, purification using the INVITEK MSB kit® Spin PCRapace, preparation for the sequencing reaction by inserting the Dye Terminator, ethanol-purified DNA precipitation and sequencing with the Applied Biosystem's ABI 3130 sequencer, to obtain the nucleotide sequences of the genes examined. Subsequently, computational analysis procedures were used to build phylogenetic trees (with Mega X software) and to study the genetic diversity (with DNAsp software) of the population under consideration and other known Podarcis species. From the cladistic based on molecular data relating to the specimens of interest we can highlight the evolutionary relationships of the various taxa, as well as the degree of kinship; in particular, samples from the geographical area studied were phylogenetically distant from other Iberian species of Podarcis (lusitanicus, liolepis, guadarramae, virescens and muralis), the latter used as an outgroup. Therefore the results show a high degree of divergence, both of mtDNA and nDNA, at an intraspecific and interspecific level, suggesting a possible taxonomic reassessment of the genus Podarcis hispanicus, as the specimens sampled in the south-eastern area of the Iberian Peninsula, called Galera, are characterized by an obvious genetic diversity compared to the species of Podarcis already known. At the level of phylogenetic sistematics, therefore, they could constitute an autonomous taxon. As regards the future prospects, it is necessary to expand the number of populations under consideration, to expand the geographical sampling interval and to use individuals from other species in order to carry out a more detailed intespecific counter-type.

Questo lavoro di tesi è incentrato sull’analisi genetica di due geni mitocondriali (Regione Controllo e due frammenti di Citocromo b) e un gene nucleare (MC1R) per valutare la struttura della popolazione e la diversità genetica in una popolazione di Podarcis, localizzata al sud-est della penisola Iberica, in una località chiamata Galera. Sono stati messi in atto protocolli laboratoristici di estrazione di DNA con il metodo cloroformio/fenolo, PCR, corsa elettroforetica in agarosio e utilizzo del programma Gel Capture per visualizzare le bande di DNA, purificazione impiegando il kit INVITEK MSB® Spin PCRapace, preparazione alla reazione di sequenziamento inserendo il Dye Terminator, precipitazione DNA purificato in etanolo e sequenziamento con il sequenziatore ABI 3130 dell’Applied Biosystem, per ottenere le sequenze nucleotidiche dei geni esaminati. In seguito, sono state impiegate procedure di analisi computazionale per la costruzione di alberi filogenetici (con il software Mega X) e per lo studio della diversità genetica (con il software DNAsp) della popolazione in esame e di altre specie di Podarcis già conosciute. Dalla cladistica basata su dati molecolari relativi agli esemplari di interesse si possono evidenziare le relazioni evoluzionistiche dei vari taxa, nonché il grado di parentela; in particolare i campioni provenienti dall’area geografica oggetto di studio risultano essere filogeneticamente distanti dalle altre specie Iberiche di Podarcis (lusitanicus, liolepis, guadarramae, virescens e muralis), quest’ultima utilizzata come outgroup. Pertanto i risultati ottenuti mostrano un elevato grado di divergenza, sia del mtDNA che del nDNA, a livello intraspecifico e interspecifico, suggerendo una possibile rivalutazione tassonomica del genere Podarcis hispanicus, in quanto gli esemplari campionati nell’area sud-orientale della penisola Iberica, denominata Galera, sono caratterizzati da un’evidente diversita’ genetica rispetto le specie di Podarcis gia’ note. A livello di sistematica filogenetica, quindi, potrebbero costituire un taxon autonomo. Per uquanto riguarda le prospettive future è necessario ampliare il numero delle popolazioni in esame, espandere l’intervallo di campionamento geografico e utilizzare piu’ individui di altre specie per poter effettuare un confronto interspecifico più dettagliato.