Meccanismi di regolazione nelle piante ad opera di lunghi RNA non codificanti

In addition to coding RNAs such as messenger, there are others that do not code for any protein, RNAs that perform their function in the form of nucleic acid, non-coding RNAs. For example, ASCO competitively binds NSR proteins with alternative splicing targets in vitro and in vivo, promoting lateral root development in Arabidopsis thaliana. ASCO further modulates AS in an NSR-independent manner by an unknown mechanism, in particular by influencing the response to biotic stress. It binds with multiple splicing factors including PRP8a and SmD1b and modulates genes undergoing splicing in response to bacterial flagellin. Another example of lncRNA-protein interaction is found in the regulation of flowering time, which involves epigenetic silencing of FLC, mainly through histone modification. The vernalization process recruits three lncRNAs: COOLAIR, COLDWRAP and COLDAIR. These three lncRNAs are involved in DNA modification, through interaction with PRC2 proteins and by helping to enrich the degree of methylation at the locus, preventing promoter binding. Overall, the understanding of the functions of plant lncRNAs is only beginning, however, significantly more studies are needed to cover the vastness of lncRNAs with unknown structures and functions.

Oltre ad essere presenti RNA codificanti come il messaggero, ce ne sono altri che non codificano per nessuna proteina, RNA che svolgeranno la loro funzione sotto forma di acido nucleico, gli RNA non codificanti. Ad esempio ASCO, il quale lega competitivamente le proteine NSR con obiettivi di splicing alternativo in vitro e in vivo, favorendo lo sviluppo delle radici laterali in Arabidopsis thaliana. ASCO modula ulteriormente AS in modo indipendente da NSR con un meccanismo sconosciuto, in particolare influenzando la risposta allo stress biotico. Esso si lega con più fattori di splicing tra cui PRP8a e SmD1b e modula i geni sottoposti a splicing in risposta alla flagellina batterica. Un altro esempio di interazione tra lncRNA e proteina la riscontriamo nella regolazione del tempo di fioritura, che coinvolge il silenziamento epigenetico di FLC, principalmente attraverso la modifica degli istoni. Il processo di vernalizzazione recluta tre lncRNA: COOLAIR, COLDWRAP e COLDAIR. Questi tre lncRNA sono coinvolti nella modificazione del DNA, attraverso l’interazione con proteine PRC2 e contribuendo ad arricchire il grado di metilazione nel locus, impedendo il legame del promotore. Nel complesso, la comprensione delle funzioni degli lncRNA vegetali è solo all'inizio, significativamente più studi sono però necessari per coprire la vastità di lncRNA con strutture e funzioni sconosciute.