In conservation biology, an increasing number of projects are taking advantage of the information available in whole genomes of endangered or threatened species in order to understand, by means of various analyses, their population characteristics and health status, their distribution in the habitats, including local adaptation, and how the intervention of biotic and abiotic elements affects their population size. The newly emerging field of conservation genomics needs, however, the data to carry out such analyses, that is the reference genomes of the species to be studied.The aim of our work and study was therefore to produce a genome assembly of an endemic Italian species at risk of extinction, the butterfly Hipparchia Sbordoni, and then to analyze a set of population-level genomic data to estimate molecular summary statistics describing population diversity and structure of the species under study. The genome assembly and the study of population characteristics was carried out using state-of-the-art bioinformatics tools according to the gold standard set by international genome assembly consortia.
In biologia della conservazione, un numero crescente di progetti sta sfruttando le informazioni disponibili nei genomi interi di specie minacciate o in pericolo per comprendere, attraverso varie analisi, le caratteristiche della loro popolazione e lo stato di salute, la loro distribuzione negli habitat, compreso l'adattamento locale, e come l'intervento di elementi biotici e abiotici influisce sulle dimensioni della loro popolazione. Lo scopo del nostro lavoro e del nostro studio è stato quindi quello di produrre un assemblaggio del genoma di una specie endemica italiana a rischio di estinzione, la farfalla Hipparchia Sbordoni, e poi di analizzare un set di dati genomici a livello di popolazione per stimare statistiche molecolari riassuntive che descrivano la diversità e la struttura di popolazione della specie in studio. L'assemblaggio del genoma e lo studio delle caratteristiche della popolazione è stato effettuato utilizzando strumenti bioinformatici all'avanguardia secondo il gold standard stabilito dai consorzi internazionali di assemblaggio del genoma.
ASSEMBLAGGIO DEL GENOMA DI UNA FARFALLA ENDEMICA DELLE ISOLE PONTINE, HIPPARCHIA SBORDONII E STIMA DI ALCUNE STATISTICHE DI DIVERSITÀ NELLA POPOLAZIONE
FAVA, SEBASTIANO
2020/2021
Abstract
In conservation biology, an increasing number of projects are taking advantage of the information available in whole genomes of endangered or threatened species in order to understand, by means of various analyses, their population characteristics and health status, their distribution in the habitats, including local adaptation, and how the intervention of biotic and abiotic elements affects their population size. The newly emerging field of conservation genomics needs, however, the data to carry out such analyses, that is the reference genomes of the species to be studied.The aim of our work and study was therefore to produce a genome assembly of an endemic Italian species at risk of extinction, the butterfly Hipparchia Sbordoni, and then to analyze a set of population-level genomic data to estimate molecular summary statistics describing population diversity and structure of the species under study. The genome assembly and the study of population characteristics was carried out using state-of-the-art bioinformatics tools according to the gold standard set by international genome assembly consortia.File | Dimensione | Formato | |
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https://hdl.handle.net/20.500.12075/8259