SEQUENZIAMENTO DI NUOVA GENERAZIONE NEI GENI BRCA1 E BRCA2 RESPONSABILI DELLA PREDISPOSIZIONE GENETICA AL CANCRO

The aim of this report is to describe results of BRCA1 and BRCA2 Next Generation Sequencing Analysis (NGS) analysis in 132 selected Italian patients with breast/ovarian cancer. A NGS pipeline with a reliable Copy Number Variation (CNV) prediction algorithm was applied. In addition, VarSome and Priors V2.0 Software were employed for in silico analysis of novel missense variants. A total of 37 BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants were found in 34 unrelated subjects with a frequency of positive patients of 25.7% (34/132). Twenty-four deleterious variants were detected in BRCA1 (representing the 64.9% of all identified pathogenic defects) and thirteen (35.1% of all identified pathogenic variants) in BRCA2 gene. The percentage of patients carrying a variant of unknown significance (VUS) was 7.5% (10/132). In addition, seven novel variants (five in BRCA2 and two in BRCA1 gene), never previously reported, were identified. Our approach represents a robust and easy-to-use method for full BRCA1/2 screening. However, a consistent number of our high-risk families still remained without a satisfying answer. Necessarily, further collective efforts must be directed to a definitive classification of VUSs. The future auspice is that the use of multi-gene panel and more advanced screenings, such as whole exome sequencing and/or RNA seq, in routine diagnostics increases the detection rate.

Lo scopo di questa relazione è descrivere i risultati dell'analisi di sequenziamento di nuova generazione (NGS) di BRCA1 e BRCA2 in 132 pazienti italiane selezionate con cancro al seno/ovarico. È stata applicata una pipeline NGS con un algoritmo affidabile di predizione delle variazioni del numero di copie (CNV). Inoltre, sono stati utilizzati i software VarSome e Priors V2.0 per l'analisi in silico di nuove varianti missenso. In totale sono state trovate 37 varianti patogene di BRCA1 e BRCA2 in 34 soggetti non imparentati, con una frequenza di pazienti positivi del 25,7% (34/132). Sono state individuate 24 varianti deleterie nel gene BRCA1 (che rappresentano il 64,9% di tutti i difetti patogeni identificati) e 13 (35,1% di tutte le varianti patogene identificate) nel gene BRCA2. La percentuale di pazienti portatori di una variante di significato sconosciuto (VUS) è stata del 7,5% (10/132). Inoltre, sono state identificate sette nuove varianti (cinque nel gene BRCA2 e due nel gene BRCA1), mai segnalate in precedenza. Il nostro approccio rappresenta un metodo robusto e facile da usare per lo screening completo di BRCA1/2. Tuttavia, un numero consistente di famiglie ad alto rischio è rimasto senza una risposta soddisfacente. Necessariamente, ulteriori sforzi collettivi devono essere indirizzati a una classificazione definitiva delle VUS. L'auspicio futuro è che l'uso di pannelli multi-gene e di screening più avanzati, come il sequenziamento dell'intero esoma e/o l'RNA seq, nella diagnostica di routine aumenti il tasso di individuazione.