In many telostei fish it was observed the presence of numerous superfamilies of transposable elements (TE), which are absent in many genomes of tetrapods. Several hypotheses predicted that the increase in the activity of the elements occurred as a result of polyploidization and could be linked to the duplication of the genome that occurred 300 million years earlier. To demonstrate this hypothesis, the genome of the Gar (Lepisosteus oculatus) was taken into consideration. The results obtained showed that the diversity of TEs are similar in both the Gar genome and the telostei genome. This suggests that the diversity of TEs was ancestral and not related to the duplication of the entire genome. Through various analyzes it was found that about 25 TE superfamilies were present in the last ancestor of the Gar.

In molti pesci telostei è stato osservata la presenza di numerose superfamiglie di elementi trasponibili (TE), assenti in molti genomi di tetrapodi. Diverse ipotesi prevedevano che l’aumento dell’attività degli elementi avvenne in seguito poliploidizzazione e potrebbe essere collegata alla duplicazione del genoma avvenuto 300 milioni di anni prima. Per dimostrare tale ipotesi è stato preso in considerazione il genoma del Gar (Lepisosteus oculatus). I risultati ottenuti hanno dimostrato che la diversità dei TE sono simili sia nel genoma del Gar che nel genoma dei telostei . Questo suggerisce che la diversità dei TE era ancestrale e non collegata alla duplicazione dell’intero genoma. Attraverso diverse analisi è risultato che circa 25 superfamiglie di TE fossero presenti nell’ultimo antenato del Gar.

ASSENZA DI CORRELAZIONE TRA LA DUPLICAZIONE DEL GENOMA NEI PESCI TELOSTEI E L'AUMENTO DELL'ATTIVITA' DEGLI ELEMENTI TRASPONIBILI: EVIDENZE DALL'ANALISI DEL GENOMA DELLO SPOTTED GAR

RICCIARDO LAMONICA, MARIA
2019/2020

Abstract

In many telostei fish it was observed the presence of numerous superfamilies of transposable elements (TE), which are absent in many genomes of tetrapods. Several hypotheses predicted that the increase in the activity of the elements occurred as a result of polyploidization and could be linked to the duplication of the genome that occurred 300 million years earlier. To demonstrate this hypothesis, the genome of the Gar (Lepisosteus oculatus) was taken into consideration. The results obtained showed that the diversity of TEs are similar in both the Gar genome and the telostei genome. This suggests that the diversity of TEs was ancestral and not related to the duplication of the entire genome. Through various analyzes it was found that about 25 TE superfamilies were present in the last ancestor of the Gar.
2019
2020-12-19
Absence of correlation between the duplication of genome in telostei fishes and the increase of the transposable elements activity: evidence from the analysis of the Spotted Gar genome
In molti pesci telostei è stato osservata la presenza di numerose superfamiglie di elementi trasponibili (TE), assenti in molti genomi di tetrapodi. Diverse ipotesi prevedevano che l’aumento dell’attività degli elementi avvenne in seguito poliploidizzazione e potrebbe essere collegata alla duplicazione del genoma avvenuto 300 milioni di anni prima. Per dimostrare tale ipotesi è stato preso in considerazione il genoma del Gar (Lepisosteus oculatus). I risultati ottenuti hanno dimostrato che la diversità dei TE sono simili sia nel genoma del Gar che nel genoma dei telostei . Questo suggerisce che la diversità dei TE era ancestrale e non collegata alla duplicazione dell’intero genoma. Attraverso diverse analisi è risultato che circa 25 superfamiglie di TE fossero presenti nell’ultimo antenato del Gar.
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/20.500.12075/2585